当前畜牧养殖行业存在的问题主要如下:
1、利润分配不均，养殖户利益得不到保护，随着劳动力成本的提升，广大农民宁可出去打工也不从事养殖。而饲料经销商、兽药经销商们依靠掌握一定的资源与饲料厂和食品厂讨价还价谋求个人利益，成为行业中 的赢家。肉食品渠道 是如此，造成真正从事实业工作养殖户、饲料厂、食品厂却得不到应该得到的利益，服务商却是吃的脸大脖子粗， 别是广大养殖户的利益根本得不到应有的回报。
2、肉食品药残超标，出口受阻，国内宰杀厂低价恶性竞争。无论国内市场还是 市场对中国肉食品均抱着不信任的态度，致使中国肉食品行业只能从事代工或低价竞争，陷入低价低效的
恶性循环。
3、 为了平抑物价和随着WTO协议的逐步生效，肉食品进口激增。因为消费习惯不同国外进口食品价格偏低，对国内宰杀行业造成巨大冲击。 别是 2008年对养猪的补贴造成一窝蜂的母猪增栏，存栏量过大，供求关系失衡，猪肉产品价格一落千丈，连带其他肉食品价格一蹶不振。
4、广大散养户养殖观念陈旧不能接受新的管理理念，养殖水平参差不齐。随着疾病的蔓延和爆发频率的提高， 别 近的禽流感，造成肉鸡养殖大面积萎缩， 剧了饲料厂与食品厂的产能压力，造成饲料企业与肉食品依靠价格恶性竞争。
5、养殖人员知识水平普遍偏低，中国自古虽然重农轻商，但是建国以后 政策对农业伤害太大，极大的打击了农业的积极性。农村 的人才绝大部分进入工业与行政事业系统。大部分养殖户基本上是不愿背井离乡打工，土地收入又极为可怜的情况下，被逼从事养殖行业。养殖从业人员知识水平低，而且由于中国养殖行业发展时间很短，缺乏高级养殖技术指导人员，大部分属于养殖户自己摸索养殖经验，许多想当然的理论推断本身 是建立在一个虚假的错误基础上面。养殖理论上绝大部分采取拿来主义，借鉴西方养殖经验，但是由于气候、环境、从业人员素质等等原因造成许多管理理念与设备多有水土不符。前期苏联模式与近期西方模式均被证明不很适合我国国情，中国也是与二十世纪九十年代中期才刚刚开始建立自己的农业工程体系。所以造成了中国现在养殖发展水平相差很大，绝大部分以低效小散养户为主，鸡病疫情防治措施呆板落后，效果极差，整体养殖效益低下。
6、行情的无规则剧烈波动。由于养殖户的群体基数过大，养殖理念不成熟， 别是国人的羊群效应 别明显，跟风之风造成一窝蜂的上，一窝蜂的下，行情急剧的波动。国内部分不正规小饲料厂、小宰杀厂也得以生存的机会。要么养殖市场极度萎缩，造成配套企业行业性亏损，小厂们则偃旗息鼓等待时机，大厂苦苦的挣扎;要么养殖市场火爆异常，造成配套企业产能紧张，供求关系严重失衡，小厂趁机出海，对养殖户利益进行打压，造成养殖环节绝大部分亏损;养殖户养殖热情退潮，重新进入行情低迷期，如此周而复始的循环。市场这个无形的手在中国畜牧行业演绎的淋漓尽致，比中国的资本市场的波动有过之无不及， 别是养殖周期 别短的禽类市场。
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